Sergej Bondarčuk je bil poročen trikrat. Štirje njegovi otroci so se dobro izobrazili in skoraj vsi so stopili po stopinjah velikega očeta. Režiser jim ni posvečal veliko pozornosti, bil pa je ponosen na uspehe svojih hčera in sinov.
Sin Aleksej Bondarčuk
Sergej Bondarčuk je sovjetski in ruski gledališki in filmski igralec, filmski režiser, scenarist, učitelj. Sergej Fedorovič je bil poročen trikrat. Vsi njegovi otroci so se odvijali kot posamezniki in postali uspešni.
Režiser je svojo prvo ženo Evgenijo Belousovo spoznal med študijem v gledališki šoli v Rostovu na Donu. Mladi so se poročili in leta 1944 se jim je rodil sin Aleksej. Sergej Bondarčuk je odšel v vojno, po vrnitvi pa se je družina razšla. Sin Aleksej je diplomiral na inštitutu, odlično obvladal angleščino in francoščino. Delal je kot učitelj. Aleksejevo osebno življenje se ni izšlo. Ni bil poročen in ni imel otrok. S slavnim očetom mu nikoli ni uspelo vzpostaviti stika.
Hči Natalia Bondarchuk
Bondarchuk je na snemanju filma "Mlada garda" spoznal svojo drugo ženo Inno Makarovo. Lepa igralka je očarala mladega režiserja. Z njo je živel 12 let. Inna je postala pobudnica ločitve. Izgubila je zanimanje za moža in se ponudila, da bo odšla, Bondarchuk pa je skušal družino rešiti do zadnjega.
V zakonu z Inno Makarovo je imel Sergej Fedorovič leta 1960 hčerko Natalijo. Deklica je bila tako kot njen starejši brat Aleksej prikrajšana za očetovo pozornost. Bondarchuk je na snemanju nenehno izginjal. Toda po ločitvi staršev je Natalia uspela ohraniti odnos s svojim očetom. Šla je po njegovih stopinjah in postala igralka, režiserka. Po snemanju filma "Solaris" je Natalia pridobila priljubljenost. Kasneje je igrala veliko svetlih vlog. Leta 2009 je prejela naziv zasluženi umetnik Ruske federacije. Bondarčukova hči je organizirala otroško gledališče "Bambi" in se aktivno vključuje v družabne dejavnosti.
Natalijino osebno življenje je bilo uspešno. Poročila se je z režiserjem Nikolajem Burlyaevom, rodila sina Ivana in hčer Marijo. Natalia in njen mož imata dva vnuka, pri vzgoji katerih aktivno sodelujeta.
Hči Elena iz zakona z Irino Skobtsevo
Po ločitvi od druge žene se je Sergej Fedorovič poročil z igralko Irino Skobtsevo, ki se je izkazala za najdaljšo in najsrečnejšo. Trajalo je do smrti velikega režiserja. Leta 1962 je Irina rodila moževo hčer Elena. Deklico je vzgajala babica po materini strani, ker so bili starši preveč zaposleni s svojo kariero.
Alena že od otroštva ljubi ples in balet. Po končanem šolanju je želela stopiti po stopinjah svojih staršev in vstopila v šolo Moskovskega gledališča. Elena je nastopila kot igralka gledališča in filma. Bila je poročena z znanstvenikom-gemologom in podjetnikom Vitalijem Krjukovim.
Bondarčukova hči je umrla v starosti 48 let. Ima sina Konstantina Krjukova, ki je prav tako izbral igralski poklic. Konstantin je ustvarjalna oseba. Ne igra le v filmih, ampak tudi slika slike.
Sin Fjodor Bondarčuk
Leta 1967 se je rodil četrti otrok Sergeja Bondarčuka Fedor. Tudi fanta je, tako kot njegovo starejšo sestro Aleno, vzgajala babica. V šoli se ni razlikoval po vzornem vedenju, študiral je povprečno. V MGIMO ni mogel vstopiti, zato je po končani srednji šoli odšel na študij v VGIK na režijski in produkcijski oddelek.
Fyodor Bondarchuk je nadarjen igralec, filmski režiser, producent, showman. V svojem poklicu je bil popolnoma uspešen. V osebnem življenju se je tudi zanj vse izkazalo zelo dobro. Že več kot 25 let je poročen s Svetlano Bondarchuk. Fedor in Svetlana imata sina Sergeja in hčer Varvaro. Sergej se je uspel poročiti in postati oče dveh očarljivih deklet. Varvarina hči je poseben otrok. Živi in študira v tujini.
Po ločitvi od Svetlane je Fedor začel hoditi z igralko Paulino Andreevo. Bondarchuk je načrtoval poroko leta 2017, a do zdaj ni formaliziral odnosa z novim ljubimcem. Po govoricah naj bi bil razlog v negativnem odnosu njegovih otrok do te zveze. Sin Sergej je bil kategoričen in je obljubil, da bo prenehal komunicirati z očetom, če se bo poročil s Paulino. Fjodor Sergejevič se je odločil, da poroko preloži do trenutka, ko bodo vsa vprašanja urejena in bosta v družini spet prišla mir in razumevanje.